該劇改編自步月淺妝的小說《權寵之仵作醫妃》，講述大理寺卿沈毅因卷入晉王案，全家慘遭滅門，其女沈莞借用秦府九娘子秦莞的身份逃到荊州。原本柔弱可欺的秦莞“性情大變”，不僅會治病救人，還能剖尸探案，順帶將秦府的伯母庶妹姨娘刁奴治得服服帖帖。探案期間秦結識了睿王世子燕遲，燕遲一心為晉王翻案，與秦莞為父昭雪的目標不謀而合，二人一起回京，途中聯手破獲了各式詭譎大案。回京后，一具意外發現的骸骨讓晉王案得以重提，燕遲和秦莞一起慢慢接近了案件的真相，發現了皇宮里深藏的驚天秘密。
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