300年前，沿海居民不堪忍受外來殖民侵略者的壓迫與搜刮，組成海盜與殖民者作戰。海盜們將殖民者的財寶搶來埋藏在一片神秘海域，傳說堆積如山的財寶光芒閃耀，變成美麗的彩虹，從此海盜和他們的寶藏以彩虹而聞名。自稱彩虹海盜后人的海貍波波（謝元真 配音）將傳說編成故事說給海底居民們聽，結果引來了尋找財寶不成的海馬家族以及兇狠神秘的獨眼鯊（譚滿堂 配音）。危急時刻，波波得到小潛艇阿力（范楚絨 配音）的救助。他們帶上小潛艇貝貝（洪海天 配音）以及海馬家族，踏上了尋找彩虹寶藏的旅途。